Secondo quanto previsto dalla L.R. n.29/2004 e successive modificazioni gli IRCCS sono dotati di un Collegio sindacale composto da tre membri, di cui uno nominato dalla Regione (con funzione di presidente), uno nominato dal Ministero dell'Economia e delle Finanze ed uno dal Ministero della Salute. Il Collegio Sindacale ha durata triennale.

La Giunta Regionale dell'Emilia-Romagna, con deliberazione n.1797 del 30 novembre 2020, ha provveduto alla nomina del Collegio Sindacale dell'Istituto:

• Dott. Carlo Costa, con funzioni di Presidente
• Dott. Andrea Patassini
• Sig.ra Lucia Cecere

Di questo e dei precedenti collegi sindacali sono riportati, ai sensi del D.Lgs. n.33/2013, nella sottostante sezione "Documenti", atti di nomina e rispettivi CV (in aggiornamento).